Sejarah bertulis Jepun bermula dengan kemunculan ringkas dalam teks-teks sejarah Cina pada abad ke-1. Bagaimanapun, penyelidikan arkeologi menunjukkan bahawa manusia telah hidup di pulau-pulau Jepun seawal Zaman Paleolitik Awal lagi. Menyusul zaman ais terakhir pada sekitar 12,000 SM, ekosistem Kepulauan Jepun yang kaya menggalakkan pembangunan manusia yang mengeluarkan tembikar terawal yang diketahui semasa zaman Jomon. Sejarah Jepun berselang-seli antara tempoh-tempoh keterasingan dengan pengaruh-pengaruh radikal yang kekadang bersifat revolusi dari dunia luar.
Prasejarah
Pada zaman ais, Jepun tercantum dalam benua Asia dari Sakhalin di utara dan Kyushu di selatan; memudahkan penghijrahan manusia, haiwan dan tumbuhan ke kepulauan Jepun dari kawasan yang kini adalah negara China dan Korea.
Budaya Jomon timbul sekitar 11,000 sebelum Masihi dengan berakhirnya zaman ais. Gaya hidup mereka berputik dari cara mesolitik ke neolitik. Masyarakat Jomon juga merupakan penghasil barang-barang tembikar yang terawal di dunia. Difahamkan bahawa kaum Jomon merupakan leluhur kaum Proto Jepun dan Ainu.
Permulaan era Yayoi di sekitar 300 SM ditandakan dengan kedatangan teknologi baru seperti penanaman padi dan sistem pengairan yang dibawa oleh pendatang dari Korea, China dan tempat-tempat lain di Asia.
Era Klasik
Menurut mitos Jepun, negara tersebut diasaskan pada kurun ke 7 SM oleh Maharaja Jimmu. Pada kurun ke 5 dan 6, tulisan Cina dan agama Buddha diperkenalkan ke Jepun dari Korea dan kemudian langsung dari China. Maharaja-maharaja Jepun merupakan ketua pada nama sahaja. Kuasa sebenar terletak pada para bangsawan, pemangku raja dan shogun (gabenor tentera).
Permulaan zaman Nara pada kurun ke 8 ditandakan dengan penubuhan sebuah pemerintah yang kuat yang berpusat di bandar Heijokyo (kini Nara). Pusat tersebut kemudiannya berpindah ke Heiankyo (kini Kyoto), dan di sini lahir sebuah budaya klasik Jepun yang dikenali sebagai Heian.
Era zaman pertengahan
Zaman pertengahan era Jepun telah digubal oleh pejuang yang dikenali sebagai 'samurai'. Pada 1185,general Minamoto no Yoritomo adalah orang pertama untuk memecahkan tradisi memerintah sehaluan dengan Maharaja di Kyoto, memegang kuasa di Kamakura, di selatan Yokohama masa kini. Meskipun era shogun Kamakura kelihatan stabil, Jepun kemudiannya berpecah menjadi negeri-negeri yang saling berperang lalu menderita dalam Zaman Sengoku.
Pada abad ke-16, pedagang dan mubaligh Eropah tiba di Jepun buat julung kalinya, lalu memulakan zaman "Nanban" ("orang gasar selatan") yang melihatkan pertukaran perdagangan dan budaya yang aktif antara Jepun dan rantau Barat. Pada masa yang sama, Oda Nobunaga, Toyotomi Hideyoshi, dan Tokugawa Ieyasu, mengenakan kawalan yang makin kuat terhadap neger-negeri berperang di Jepun. Akhirnya, Tokugawa menyatukan semula Jepun dengan menewaskan musuhnya di Pertempuran Sekigahara pada tahun 1600, memindahkan ibu negara ke Edo (sekarang Tokyo) lalu menubuhkan era shogun Tokugawa.
Pemerintah-pemerintah Tokugawa yang sangsi dengan pengaruh mubaligh Katolik mengharamkan segala perhubungan dengan orang Eropah kecuali bagi perhubungan yang amat terbatas dengan saudagar Belanda di Pulau Dejima. Zaman pengasingan ini bertahan selama dua setengah abad, ketika mengalami perpaduan politik yang halus dikenali sebagai zaman Edo, dianggap sebagai kemuncak budaya zaman pertengahan Jepun.
Zaman moden
Pada 1854, Komodor tentera laut Amerika Syarikat Matthew Perry memaksa pembukaan Jepun ke kuasa Barat dengan Konvensyen Kanagawa. Ramai wira samurai memberontak, melihat apa yang dianggap oleh mereka kelemahan Shogun, dan pemberontakan ini meluas menjadi Perang Boshin 1867-68. Shogun terpaksa meletak jawatan, dan Restorasi Meiji memulangkan kuasa ketua negara ke maharaja. Berbagai-bagai idea institusi Barat mula digunakan semasa era Meiji, termasuk kerajaan moden, sistem perundangan dan tentera. Reformasi-reformasi ini mengubahkan Empayar Jepun menjadi kuasa besar yang mengalahkan negara China didalam Perang China-Jepun dan Rusia didalam Perang Rusia-Jepun. Dari 1910, Jepun mengawal Taiwan, setengah pulau Sakhalin, dan Korea.
Awal abad ke-20 melihat tempoh singkat "demokrasi Taisho" ditenggelami oleh kebangkitan peluasan Jepun, mendorong kepada penjajahan Manchuria dan Perang China-Jepun (1937). Pada tahun 1941, Jepun menyerang pangkalan Tentera Laut Amerika Syarikat di Pearl Harbor, mendorong kedua-dua negara ke kancah Perang Dunia II. Setelah kempen yang panjang di Lautan Pasifik, Jepun kehilangan jajahan yang diperolehi awalnya, dan Amerika Syarikat hampir ke jarak untuk memulakan pengeboman strategik ke atas Tokyo, Osaka, dan bandar-bandar lain. Jepun menyerah selepas pengeboman bom atom bandar Hiroshima dan Nagasaki pada 1945, kehilangan keseluruhan koloninya di Asia dan Pasifik.
Jepun kekal di bawah penjajahan Amerika Syarikat sehingga 1952. Dalam tempoh itu, ia menerima pakai perlembagaan baru yang menetapkan negara tersebut sebagai raja berperlembagaan. Selepas penjajahan, di bawah program pembangunan industri agresif, dasar perlindungan, dan penyerahan pertahanan strategik kepada Amerika Syarikat, keluaran negara kasar Jepun makin meningkat menjadi yang kedua tertinggi di dunia. Sungguhpun berlakunya kejatuhan pasaran saham yang teruk pada tahun 1989 yang mana negara ini amsih belum peulih sepenuhnya, Jepun masih sebuah kuasa ekonomi dunia dan juga baru-baru ini telah bangkit semula sebagai kuasa strategik dengan meminjamkan sokongan bukan kombat dalam Perang Teluk dan pencerobohan Iraq pada tahun 2003.