Bahrain telah diduduki oleh manusia sejak zaman pra-sejarah lagi. Lokasinya yang strategik di Teluk Parsi telah membawa kepada pengaruh daripada orang-orang Assyria, Babylon, Yunani, Parsi, dan akhir sekali Arab (penduduknya kemudian menjadi Muslim). Bahrain pada zaman silam dikenali sebagai Dilmun, Tylos (nama Greeknya), Awal, malah Mishmahig sewaktu dibawah pemerintahan Empayar Parsi.
Pulau-pulau di Bahrain yang terletak di tengah-tengah sebelah selatan Teluk Parsi berjaya menarik penjajah sepanjang sejarah. Bahrain dalam Bahasa Arab bermaksud "Dua Laut". Hal ini sama ada merujuk kepada fakta yang pulau ini mempunyai dua sumber air berbeza, air tawar dan air masin atau kepada air disebelah utara dan selatan teluk ini, memisahkannya daripada Semenanjung Arab dan Iran.
Sebagai sebuah pulau yang strategik, subur, dan mempunyai bekalan air mentah, Bahrain menjadi antara pusat tamadun dunia sepanjang sejarah. Selama 2300 tahun, Bahrain menjadi pusat perdagangan dunia di antara Mesopotamia (sekarang Iraq) dan Lembah Indus (sekarang sebuah wilayah di India). Hal ini ialah tamadun Delmon yang mempunyai kait rapat dengan Tamadun Sumeria pada kurun ke-3 SM. Bahrain menjadi sebahagian daripada Babylon lebih kurang pada tahun 600 SM. Rekod-rekod sejarah menunjukkan Bahrain dikenali melalui pelbagai gelaran yang antaranya "Mutiara Teluk Parsi".
Dari kurun ke-16 masihi sehingga tahun 1743, pemerintahan Bahrain sentiasa berubah-ubah di antara Portugis dan Parsi. Akhirnya, Raja Parsi, Nadir Shah menguasai Bahrain dan sebagai sebab politik menyokong majoriti Syiah. Pada lewat kurun ke-18 masihi Keluarga Al-Khalifa menawan pulau ini. Bagi meneruskan penguasaan terhadap pulau ini dan menghalangnya daripada jatuh kembali ke tangan pihak Parsi, mereka menjalinkan persahabatan dengan United Kingdom dan menjadi negeri naungan British.
Minyak dijumpai pada tahun 1931. Hal ini membawa kepada pemodenan dan pembangunan kepada Bahrain. Ia juga menjadikan hubungan dengan United Kingdom lebih baik. Hal ini dibuktikan dengan British membina lebih banyak pangkalan di pulau itu. Pengaruh British berkembang sambil negara ini berkembang. Hubungan ini mencapai ke tahap kemuncak apabila Charles Belgrave dilantik menjadi penasihat. Belgrave kemudiannya menubuhkan satu sistem pendidikan moden di Bahrain.
Selepas Perang Dunia II, sentimen anti-British tersebar dengan meluas di seluruh dunia Arab dan ini mengakibatkan berlakunya rusuhan di Bahrain. Pada tahun 1960-an, pihak British menggesa supaya isu Bahrain diberi perhatian oleh masyrakat antarabangsa dan PBB. Pada tahun 1970, Iran secara terus menerus menuntut haknya terhadap Bahrain dan pulau-pulau lain di Teluk Parsi. Walau bagaimanapun, dalam satu perjanjian dengan pihak UK, mereka bersetuju untuk tidak meneruskan tuntutannya terhadap Bahrain jika tuntutan Iran yang lain dipersetujui. Hal ini menjamin kemerdekaan Bahrain dan identiti Arabnya. Bahrain sehingga ke hari ini merupakan ahli Liga Arab.
British berundur daripada Bahrain pada bulan Ogos 1971, menjadikan Bahrain sebagai sebuah negara merdeka. Peningkatan harga minyak pada tahun 1980-an sangat menguntungkan Bahrain, tetapi penurunannya amat dirasai. Bagaimanapun, negara ini mula mempelbagaikan sektor ekonominya. Peristiwa perang saudara di Lubnan menguntungkan Bahrain apabila mereka menggantikan Beirut sebagai pusat kewangan Timur Tengah.
Selepas berlakunya Revolusi Islam Iran pada tahun 1979, fundamentalis Syiah Bahrain pada tahun 1981 telah melancarkan perebutan kuasa. Walau bagaimanapun, percubaan mereka gagal. Pada tahun 1994, rusuhan demi rusuhan dilakukan oleh golongan Syiah yang tidak berpuas hati dengan ketidakadilan kerajaan.
Pada bulan Mac 1999, Hamad ibn Isa al-Khalifah menggantikan ayahandanya sebagai ketua negara. Beliau menjalankan pelbagai perubahan, antaranya; memberi hak mengundi kepada kaum wanita dan membebaskan semua tahanan politik.