Maulana Ishaq adalah anak kepada Syeikh Jumadil Qubro.
Syeikh Jumadil Qubro memiliki dua orang anak, iaitu Maulana Malik Ibrahim (Sunan Gresik) dan Maulana Ishaq, yang bersama-sama dengannya datang ke Pulau Jawa. Syeikh Jumadil Qubro kemudian menetap di Jawa, Maulana Malik Ibrahim telah berpindah ke Champa, dan adiknya Maulana Ishaq telah mengIslamkan Samudera Pasai.
Syeikh Jumadil Qubro bukan berketurunan Jawa, melainkan berasal dari Asia Tengah. Syeikh Jumadil Qubro dan kedua anaknya, iaitu Maulana Malik Ibrahim dan Maulana Ishaq lahir di Samarkand, Uzbekistan. Mereka masih merupakan kerabat dekat kepada Laksamana Cheng Ho.
Beberapa versi babad yang meyakini bahawa Syeikh Jumadil Qubro adalah keturunan ke-10 dari Hussein bin Ali, iaitu cucu Nabi Muhammad s.a.w.