Sebelum ini dikenali sebagai Piala AFC, yang telah wujud selama 20 musim sebelumnya, ini adalah musim pertama menggunakan format yang disemak dan nama baharu Liga Juara-Juara Dua AFC.[1][2] Ia akan menampilkan 32 pasukan dalam peringkat kumpulan.[3] Pemenang akan diberikan slot peringkat awal tidak langsung untuk Liga Juara-Juara Elit AFC 2025–26, jika mereka belum layak melalui prestasi domestik mereka.
Central Coast Mariners adalah juara bertahan, kerana rekod dan statistik Piala AFC dibawa ke hadapan ke ACL Dua.[4] Mereka tidak akan dapat mempertahankan kejuaraan kerana mereka akan secara automatik menyertai peringkat liga Liga Juara-Juara Elit AFC yang tidak membenarkan pasukan berpindah dari peringkat liga Liga Juara-Juara Elit AFC ke Liga Juara-Juara Dua AFC.
^Qatar (QAT):Al-Sadd telah pun layak ke Liga Juara-Juara Elit sebagai juara Liga Bintang Qatar 2023-24, juga telah memenangi Piala Emir Qatar 2024. Oleh itu, Al-Rayyan di tempat kedua juga telah layak ke peringkat liga Liga Juara-Juara Elit, Al-Gharafa di tempat ketiga layak ke play-off kelayakan Liga Juara-Juara Elit, Al-Wakrah di tempat keempat layak ke peringkat kumpulan Liga Juara-Juara Dua.
^Korea Selatan (KOR):Pohang Steelers telah pun layak ke Liga Juara-Juara Elit sebagai naib juara Liga 1 K 2023 apabila memenangi Piala FA Korea 2023. Oleh itu, Gwangju yang menduduki tempat ketiga layak ke play-off kelayakan Liga Juara-Juara Elit, manakala Jeonbuk Hyundai Motors di tempat keempat layak ke peringkat kumpulan Liga Juara-Juara Dua.
^Tajikistan (TJK):Istiklol memenangi kedua-dua Liga Tajikistan 2023 dan Piala Tajikistan 2023. Ravshan Kulob, selaku naib juara liga, turut memasuki peringkat kumpulan.
^Thailand (THA):Bangkok United, naib juara Liga Thai 2023–24 telah layak ke play-off kelayakan Liga Juara-Juara Elit sebagai pemenang Piala FA Thailand 2023–24. Oleh itu, Port di tempat ketiga layak ke peringkat kumpulan Liga Juara-Juara Dua. Tempat kelima Muangthong United juga layak ke peringkat kumpulan Liga Juara-Juara Dua kerana penarikan diri Thanh Hóa daripada pertandingan dan keputusan BG Pathum United untuk tidak menyertainya.[9]
Jadual pertandingan adalah seperti berikut.[10] Semua perlawanan akan dimainkan pada hari Selasa, Rabu dan Khamis, selain perlawanan akhir yang berlangsung pada hari Sabtu.
Play-off kelayakan dalam kurungan untuk setiap wilayah ditentukan berdasarkan kedudukan persatuan setiap pasukan dan pengagihan mereka dalam persatuan mereka, dengan pasukan dari persatuan yang lebih tinggi menjadi tuan rumah perlawanan. Pasukan dari persatuan yang sama tidak boleh diletakkan dalam ikatan yang sama. Dua pemenang pusingan play-off (dua dari Wilayah Barat) mara ke peringkat kumpulan untuk menyertai 30 peserta langsung, manakala yang kalah dalam play-off kelayakan akan memasuki peringkat kumpulan Liga Cabaran AFC 2024–25.
Undian untuk peringkat kumpulan berlangsung pada 16 Ogos 2024 di InterContinental Kuala Lumpur di Kuala Lumpur, Malaysia.[11] 32 pasukan telah diundi kepada lapan kumpulan empat pasukan: empat kumpulan masing-masing di Wilayah Barat (Kumpulan A–D) dan Wilayah Timur (Kumpulan E–H).[12] Bagi setiap wilayah, pasukan diagihkan ke dalam empat balang dan ditarik ke kedudukan yang relevan dalam setiap kumpulan, berdasarkan kedudukan persatuan mereka dan pengagihan mereka dalam persatuan mereka. Pasukan dari persatuan yang sama tidak boleh ditarik ke dalam kumpulan yang sama.
Di peringkat kalah mati, 16 pasukan akan bermain kejohanan penyingkiran tunggal. Setiap perlawanan akan dimainkan secara timbal balik di tempat sendiri dan tempat lawan, kecuali perlawanan akhir yang akan dimainkan sebagai satu perlawanan. Masa tambahan dan penentuan sepakan penalti akan digunakan untuk menentukan pemenang jika perlu (Peraturan Perkara 10). Susunan perlawanan (tempat sendiri lwn tempat lawan) ditentukan semasa undian, kecuali perlawanan akhir. Perlawanan akhir telah ditentukan secara bergilir-gilir, dengan perlawanan akan diberikan hak tuan rumah kepada pasukan dari Wilayah Timur. Undian untuk peringkat kalah mati akan diadakan pada 12 Disember 2024.
Gol yang dijaringkan dalam play-off kelayakan dan perlawanan yang dibatalkan oleh AFC tidak dikira semasa menentukan penjaring terbanyak (Peraturan Perkara 64.4)