Sultan Iskandar Thani Alauddin Mughayat Syah Ibni Almarhum Sultan Ahmad Shah II atau nama sebenarnya Raja Husein adalah Sultan Aceh ke-13. Baginda merupakan anak kandung Sultan Pahang, Sultan Ahmad Shah II. Pada tahun 1617, Kesultanan Aceh di bawah Sultan Iskandar Muda telah menyerang Pahang iaitu wilayah pemerintahan Sultan Ahmad bersama anggota keluarganya seperti Raja Husein (Iskandar Thani), Puteri Kamaliah (Putrie Phang) yang kemudian menjadi permaisuri Sultan Iskandar Muda, dan Bendaharanya Tun Muhammad, lebih akrab dengan nama samarannya "Tun Sri Lanang". Dengan ini, berakhirlah era pemerintahan Kesultanan Pahang yang berasal daripada zuriat Sultan Melaka secara langsung.
Setelah dibawa ke Aceh, beliau berkahwin dengan puteri Sultan Iskandar Muda yang kemudian bernama Sri Ratu Safiatuddin Taj ul-Alam. Selepas Sultan Iskandar Muda mangkat pada 1637, Raja Husein menggantikan Sultan Iskandar Muda sebagai Sultan Kerajaan Aceh Darussalam dengan nama "Iskandar Tsani Alauddin Mughayat Syah". "Tsani" dalam bahasa Arab bererti "dua".
Pada masa yang sama adik kandung Sultan Iskandar Tsani, Raja Sulong menjadi Sultan Perak ke-10 dengan gelar Sultan Mudzaffar Shah II. Oleh kerana itu, maka rakyat kedua-dua negeri Pahang dan Perak melakukan ikrar kesetiaan mendukung Kerajaan Islam Acheh Darussalam.
Seperti halnya Sultan Iskandar Muda, Sultan Iskandar Tsani menggunakan istana beliau sebagai pusat pendidikan Islam. Beliau merupakan pelindung Syeikh Nuruddin al-Raniri, seorang cendekiawan Islam dari Gujarat yang datang ke Acheh pada tahun 1637.
Iskandar Tsani tidak dapat melanjutkan kejayaan ketenteraan ayah mertuanya. Sebenarnya baginda merupakan penguasa yang kuat, sanggup menekan orang kaya dan berusaha untuk memusatkan kekuasaan seperti yang dilakukan oleh Sultan Iskandar Muda.
Namun, hal ini tidak lama berlangsung kerana masa pemerintahannya terlalu pendek untuk membuat perubahan besar. Beliau mangkat pada tahun 1641. Selepasnya, isteri beliau, Safiatuddin, diangkat menjadi Sulthanah Kesultanan Acheh Darussalam. Selepas kemangkatan beliau, kerajaan Aceh mula hilang pengaruhnya dan menjadi lemah.
| Didahului oleh Sultan Iskandar Muda |
Senarai Sultan Aceh 1636-1641 |
Diikuti oleh: Ratu Safiatuddin |