Selat Makassar merupakan selat yang terletak di antara pulau Kalimantan dan Sulawesi di Indonesia. Selat ini juga menghubungkan Laut Sulawesi di utara dengan Laut Jawa di selatan. Selat Makassar termasuk kategori laut dalam dan merupakan salah satu Alur Laut Kepulauan Indonesia.
Kota pelabuhan utama di selat ini ialah Balikpapan, Makassar, dan Palu. Tempat ini juga menjadi lokasi jatuhnya pesawat Adam Air Penerbangan 574 .Seramai 102 penumpang dan staf pesawat mati terkorban pada 1 Januari 2007.