Sejarah Montenegro bermula pada awal Zaman Pertengahan.
Puak-puak Slav bercampur aduk dengan bangsa-bangsa Illyria, Avar dan Rom dan berorgansasi menjadi satu daerah duke Duklja menjelang abad ke-10. Pada tahun 1077, Paus Gregory VII mengiktiraf Duklja sebagai satu negara bebas, dan mengiktiraf juga Raja Mihailo (Micheal atau Mikail) (dari dinasti Vojisavljević yang diasaskan oleh bangsawan Stefan Vojislav) sebagai rex Doclea (Raja Duklja). Akan tetapi, negara itu menghantar tanda penghormatan kepada Empayar Byzantum; ia kemudianya melahirkan kerajaan medieval Serb Zupan Agong (bahasa Serb: župan) Stefan Nemanja yang berasal daripada Duklja.
Prinsipaliti bebas negara Zeta yang lebih dekat dengan negara Montenegro yang awal muncul pada tahun 1360. Rumah Balšić (1360 - 1421) dan Rumah Crnojević (1421 - 1499) merupakan dinasti yang memerintah Zeta; dan walaupun Empayar Uthmaniyyah mengawal tanah selatan dan timur dari abad ke-15, ia tidak pernah menumpaskan seluruhnya Zeta.
Pada tahun 1516, putera berhaluan sekular Đurađ Crnojević turun daripada tahktanya untuk memberi peluang kepada Ketua Bishop Vavil memerintah, dan kemudiannya Montenegro bertukar menjadi negara teokrasi dibawah pemerintahan putera-bishop (vladika) dari Cetinje, satu tempat yang dipegang dari tahun 1697 oleh keluarga Petrović-Njegoš dari klan Riđani. Petar Petrović Njegoš yang merupakan vladika paling berpengaruh, memerintah dalam bahagian pertama abad ke-19. Pada tahun 1851, Danilo II Petrović Njegoš menjadi vladika tetapi pada tahun 1852 kemudian beliau telah berkahwin, seterusnya membuang sifat keagamaannya dan menjadikan kerajaannya sebagai prinsipaliti sekular semula dengan memakai gelaran baru knjaz (Putera).
Pada tahun 1910, Putera Nikola I menjadi Raja Montenegro. Dua tahun kemudiannya, pada bulan Oktober 1912, Raja Nikola mengistiharkan peperangan keatas Empayar Uthmaniyyah dengan mencetuskan dua Perang Balkan. Serangan tentera Montenegro keatas kubu pertahanan Utmaniyyah di bandar Skutari memaksa empayar berkenaan menyediakan satu angkatan tentera di Macedonia berhampiran. Angkatan tentera ini pula diserang oleh ketenteraan Greece, Serbia dan Bulgaria yang telah berpakat untuk memasuki peperangan ini pada sebelumnya. Hasilnya suatu kekalahan teruk kepada Utmaniyyah, yang terpaksa berundur sehingga ke Istanbul.
Montenegro kemudian mendapat hadiahnya - sebahagian besar kawasan yang telah diperintah oleh Utmaniyyah dikenali sebagai Sanjak, tetapi tidak mendapat Skutari, iaitu habuan paling besarnya dalam peperangan itu. Persidangan London memberikan Skutari kepada negara bebas Albania.
Sebagai pihak yang menyokong kuasa perikatan dalam Perang Dunia I, Montenegro diceroboh tentera Austria-Hungary. Pada tahun 1918, satu legislatif yang dikawal Serbia menyetujui kemasukannya kedalam kawasan jajahan Serbia. Kendatipun begitu, golongan pro-merdeka menentang mereka pada Hari Krismas tahun 1919 dengan melancaran bantahan. Bantahan ini ditumpas pada tahun 1924.
Dari tahun 1919 ke 1941, Montenegro merupakan sebahagian daripada Kerajaan Yugoslavia. Semasa Perang Dunia II, Montenegro diceroboh tetera fasis Itali dan kemudiannya Nazi (1941-1944). Dari tahun 1945 ke 1992, Montenegro adalah satu republik dalam Republik Persekutuan Sosialis Yugoslavia. Pada masa itu ibu negaranya yang bernama Podgorica dikenali sebagai Titograd.
Kesatuan dengan Serbia
Dalam referendum kemerdekaan Montenegro 1992, 95.96% undian menyokong untuk terus berada dalam kesatuan dengan Serbia, meskipun kehadiran pengundi hanya di tahap 66% kerana tindakan boikot oleh penduduk Islam dan Katolik serta golongan pro-merdeka. Mereka yang menyokong kemerdekaan mendakwa bahawa referendum ini diadakan dalam situasi yang tidak demokratik, dengan propaganda berterusan daripada media milik kerajaan untuk undian pro-kesatuan.
Pada tahun 1996, kerajaan Milo Đukanović memutuskan perhubungan de facto antara Montenegro dan Serbia (pada masa itu masih dibawah Milošević. Montenegro kemudiannya mengenakan dasar ekonominya sendiri dan bertukar menggunakan Deutsche Mark sebagai mata wangnya yang utama berdasarkan nasihat pakar ekonomi pada masa itu. Ia kini menggunakan euro meskipun bukan secara rasminya sebahagian daripada Zon Euro. Dinar Serbia tidak diiktiraf di Montenegro dan hanya diterima di sesetengah resort perlancongan sahaja.
Kerajaan Montenegro yang lepas dan kini sedang menjalankan dasar pro-merdeka. Ketengangan dengan Serbia tetap berlaku dengan tidak mengira pertukaran politik di Belgrade.
Pada tahun 2002 Serbia dan Montenegro bersetuju untuk menggantikan persekutuan Yugoslav dengan kesatuan lebih renggang yang bernama Serbia dan Montenegro dan referendum kemerdekaan Montenegro ditangguh selama tiga tahun minima.
Kesatuan dengan Serbia akhirnya musnah pada 21hb Mei 2006 apabila referendum kemerdekaan Montenegro 2006-nya menunjukkan bahawa 55% daripada pengundi mengundi untuk merdeka. Parlimennya pula telah mengistiharkan kemerdekaan secara formal pada 3 Jun 2006.
Kemerdekaan
Selepas kemansuhan Republik Persekutuan Sosialis Yugoslavia pada tahun 1992 Montenegro menganggotai sebuah persekutuan dengan Serbia pada mulanya sebagai Republik Persekutuan Yugoslavia dan kemudiannya sebagai Serbia dan Montenegro. Pada 21 Mei 2006 pula, Montenegro mencapai kemerdekaannya melalui satu refurandum dimana 55.3% memilih untuk memansuhkan Serbia dan Montenegro dan berdikari sebagai Montenegro. Parlimen negara ini telah mengistiharkan kemerdekaannya pada 3 Jun 2006.
Status kesatuan antara Serbia dan Montenegro telah ditentukan oleh satu referendum pada 21 Mei 2006. 55.54% daripada pengundi memilih untuk merdeka daripada Montenegro mengatasi keperluan mendapat 55% daripada jumlah pengundian yang ditetapkan untuk mengesahkan referendum dibawah peraturan yang ditetapkan Kesatuan Eropah, sebagai dilaporkan oleh 99.80% daripada 1,100 tempat pengundian. Serbia, ahli-ahli Kesatuan Eropah dan anggota tetap Majlis Keselamatan Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu telah berkata akan mengiktiraf kemerdekaan Montenegro, dan ini telah memungkinkan jalan tampa halangan kepada Montenegro menjadi negara berdaulat terbaru dunia. Predrag Popović, suatu pemimpin parti penyokong kesatuan dengan Serbia menuntut pengiraan semula undi, dan berkata sehari selepas pilihanraya bahawa bloknya akan membuat bantahan kepada pengurusi suruhanjaya pilihanraya, diplomat Slovakia Frantisek Lipka. Mengikut suruhanjaya, tahap 55% diatasi hanya dengan 2,300 undian (55.5% menyokong).
Dengan pengundian disahkan, kerajaan di Podgorica dianggap akan memanggil suatu mesyuarat Parlimen Montenegro untuk menulis semula Perlembagaan. Ini memerlukan majoriti dua per tiga, yang mungkin menjadi masalah jika parti-parti pro-kesatuan terus mengenakan bantahan. Akan tetapi jika ia berhasil, Montenegro kemudiannya boleh mencari pengiktirafan antarabangsa dan satu kerusi di Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu.
Pada tarikh 3 Jun 2006, Parlimen Montenegro mengistiharkan kemerdekaan Montenegro dan mengesahkan secara rasmi pilihan rakyat Montenegro untuk berdikari sebagai suatu negara bebas dan berdaulat.
Dengan penggunaan semula bendera yang serupa dengan bendara diraja sebelum tahun 1918, terdapat spekulasi bahawa raja terbuang negara Montenegro, Putera Nikola II Petrović-Njegoš, untuk kembali menjadi raja berpelembagaan. Dia kini hidup dalam buangan di Paris. Dimana Nikola II tidak pernah menarik tuntutannya terhadap tahkta dan sememangnya pro-kemerdekaan Montenegro, dia telah baru-baru ini berkata bahawa dia "tidak mahu" ditabalkan sebagai raja.