Jakarta pada mulanya hanya dikenali sebagai sebuah pelabuhan di muara Sungai Ciliwung. Asal-usulnya boleh ditelusuri daripada zaman peradabanHindu pada abad ke-5. Orang Eropah pertama yang datang ke Jakarta adalah orang Portugis. Pada abad ke-16, para pendatang Portugis diberi izin untuk mendirikan benteng pertahanan di Sunda Kelapa.
Asal-usul nama Jakarta bermula pada tarikh 22 Jun dengan penaklukan Sunda Kelapa oleh Fatahillah pada tahun 1527 yang telah menukarkan nama kota tersebut menjadi Jayakarta yang bererti kemenangan.
Orang Belanda yang datang ke Jayakarta sekitar akhir abad ke-16 dan pada 1619, Syarikat Hindia Timur Belanda yang dipimpin oleh Jan Pieterszoon Coen berjaya menawan Jayakarta dan kemudian mengubah namanya menjadi Batavia. Semasa era Belanda, Batavia berkembang menjadi sebuah kota yang besar dan penting.
Penjajahan oleh Jepun bermula pada tahun 1942 dan mereka menukar nama Batavia menjadi Jakarta untuk menambat hati penduduk pada Perang Dunia Kedua. Kota ini juga merupakan tempat Pengisytiharan Kemerdekaan Republik Indonesia pada 17 Ogos 1945 dan dijajah Belanda sehingga pengakuan kedaulatan pada 1949.
Selepas pembentukan Indonesia, pembaharuan sektor ekonomi pada akhir 1980-an menyaksikan Jakarta menjadi pusat ledakan hartanah, yang bagaimanapun terhenti mendadak akibat Krisis Kewangan Asia 1997. Bandar ini menjadi pusat keganasan, bantahan dan tindakan politik sehinggalah pada Mei 1998, terjadi kerusuhan di Jakarta. Sasarannya adalah kebanyakkan orang Tionghoa. Gedung DPR/MPR diduduki oleh para mahasiswa yang menginginkan reformasi. Kemuncak rusuhan ini adalah turunnya Presiden Suharto dari kerusi kepimpinannya.