Dalam kejohanan ini, 13 pasukan dari Liga Super 2024–25 layak secara automatik. dan akan disertai oleh tiga pasukan teratas dari Liga Semi-Pro 2024–25. Pasukan akan terus bermain dalam peringkat kalah mati. Kesemua perlawanan peringkat kalah mati iatu pusingan 16, suku akhir dan separuh akhir akan dimainkan di tempat sendiri dan tempat lawan dan perlawanan akhir akan dimainkan satu perlawanan tunggal di venue berkecuali. Bermula edisi sebelumnya, MFL memutuskan untuk tidak lagi menggunakan sistem peraturan gol tempat lawan di peringkat kalah mati untuk pusingan 16, suku akhir dan separuh akhir,[3] jika pasukan terikat pada agregat di masa biasa, masa tambahan dan penalti akan digunakan untuk menentukan pemenang jika perlu.
Untuk edisi kali ini, sebanyak 16 pasukan akan bersaing dalam kejohanan tersebut, yang mana keputusan kelayakan untuk pasukan dari Liga Semi-Pro akan ditentukan menerusi 3 kedudukan teratas selepas hari perlawanan liga minggu ke-13. Pasukan yang gagal mara ke suku akhir secara automatik akan meneruskan cabaran pada Piala Cabaran 2024–25.
Majlis undian telah diadakan pada 11 November 2024. 13 pasukan dari Liga Super 2024–25 dan 3 pasukan yang layak dari Liga Semi-Pro 2024-25 akan di tarik ke dalam balang mengikut kedudukan mereka selepas tamat pusingan pertama liga hari perlawanan liga minggu ke-13. Balang A akan diisi oleh lapan pasukan teratas Liga Super. Balang B diisi oleh lima pasukan terendah Liga Super termasuk tiga pasukan layak dari Liga Semi-Pro berdasarkan kelulusan subjek daripada Lembaga Pengarah MFL.[perlu rujukan] Pasukan yang berada dalam Balang A akan menjadi tuan rumah perlawanan kedua pusingan 16.
Dalam fasa kalah mati, pasukan bermain menentang satu sama lain melalui perlawanan timbal balik di tempat sendiri dan tempat lawan, kecuali perlawanan akhir. Peraturan gol tempat lawan di peringkat kalah mati (pusingan 16, suku akhir dan separuh akhir) tidak akan digunakan, sekiranya pasukan terikat pada agregat di masa biasa, masa tambahan dan penalti akan digunakan untuk menentukan pemenang jika perlu.
Perlawanan pusingan 16 pertama dimainkan pada 20–24 November 2024, dan perlawanan pusingan 16 kedua dimainkan pada 27 November & 29 November – 1 Disember 2024. Pasukan yang kalah di pusingan 16 akan bermain di Piala Cabaran 2024–25.