Kota Jayapura adalah ibu kota provinsi Papua, Indonesia. Bandar ini merupakan ibu kota provinsi yang terletak paling timur di Indonesia dan terletak di teluk Jayapura. Jayapura memiliki luas wilayah 9.4 km2 dan berpenduduk seramai 172,723 orang (2000).
Dari 1910 hingga 1962, kota ini dikenali sebagai Hollandia, dan kemudian Kota Baru selepas pengunduran Belanda. Kota ini kemudian dinamakan Soekarnopura sempena Presiden Sukarno, namun tidak lama kemudian, ia mendapat namanya seperti sekarang. Jayapura (dari bahasa Sanskrit) bererti "bandar kejayaan".