Sistem fosfotransferase ialah suatu sistem pengangkutan aktif yang terdapat dalam banyak membran mitokondrion. Sistem ini sangat khusus, mempunyai afiniti yang tinggi untuk gula dan beroperasi pada pH neutral.
Sistem fosfotransferase memangkinkan pemindahan kumpulan fosfat daripada fosfoenolpiruvat kepada gula, sebaik sahaja gula diangkut ke dalam sel.