Endotoksin ialah toksin pada bakteria gram negatif berupa lipopolisakarida (LPS) pada membran luar dari dinding sel yang pada keadaan tertentu bersifat toksik pada inang tertentu.[1] Lipopolisakarida ini disebut endotoksin kerrana terikat pada bakteria dan dilepaskan saat mikroorganisme mengalami lisis atau pecahnya sel.[1] Beberapa juga dilepaskan saat penggandaan bakteria.[2] Komponen toksik pada LPS oalah bahagian lipid atau lemak, yang disebut lipd A.[2]. Komponen lipid A ini bukanlah struktur makromolekular tunggal melainkan terdiri dari susunan kompleks dari sisa-sisa lipid.[2] Endotoksin hanya ada pada bakteria gram negatif berbentuk basil/batang dan kokus dan tidak secara aktif dilepaskan dari sel serta dapat menimbulkan demam, kejutan, dan gejala lain.[2]
Endotoksin ialah LPS sementara eksotoksin oalah polipetida; enzim-enzim yang menghasilkan LPS tersebut dikodkan oleh gen-gen pada kromosom bakteria daripada plasmid atau DNA bakteriofaj yang biasanya mengkodkan eksotoksin.[2] Ketoksikan endotoksin lebih rendah dibandingkan dengan eksotoksin, namun beberapa organisme memiliki endotoksin yang lebih berkesan berbanding yang lain.[2] Endotoksin ialah antigen yang lemah dan menginduksi antibodi dengan lemah sehingga tidak sesuai digunakan sebagai antigen dalam vaksin.[2] Keberadaan endotoksin tanpa bakteria penghasilnya sudah cukup untuk menimbulkan gejala keracunan pada inang contohnya keracunan makanan kerana endotoksin yang dihasilkan oleh bakteria Salmonella.[2]
