Liga Juara-Juara 2005-06 adalah edisi ke-51 kejohanan bola sepak kelab Eropah dan edisi ke-14 di bawah format Liga Juara-Juara UEFA terkini. 74 pasukan daripada 50 persatuan bola sepak mengambil bahagian, bermula dengan pusingan kelayakan yang telah dilangsungkan pada 12 Julai, 2005. Kejohanan berakhir dengan final di antara Arsenal dan Barcelona di Stade de France, Paris, pada 17 Mei, 2006, di mana Barcelona menang 2-1 dengan Juliano Belletti menjaringkan gol kemenangan. Arsenal mendahului melalui tandukan Sol Campbell pada minit ke-37, walaupun Jens Lehmann dibuang padang pada minit ke-18. Robert Pirès dikeluarkan, yang menjadikan penampilan terakhirnya untuk Gunners. Samuel Eto'o membawa Barcelona kembali terikat pada minit ke-76, sebelum Belletti menjaringkan gol lima minit kemudian.
Penyandang juara Liverpool FC dan 23 juara liga dari negara-negara Eropah yang berada di kedudukan ke-27 dan ke bawah berdasarkan ranking UEFA tahun 2004 telah diundi menentang antara satu sama lain dan bermain dua perlawanan, tempat sendiri dan tempat lawan, di mana pemenang akan mara ke pusingan kelayakan kedua. Walaupun mereka berada di kedudukan kelima dalam Liga Perdana Inggeris 2004-05 (biasanya hanya empat kelab Inggeris sahaja dibenarkan), Liverpool telah diberi pengecualian khas oleh UEFA selaku penyandang juara, di mana mereka telah diletakkan di pusingan kelayakan pertama.
12 pemenang daripada pusingan 1, 10 juara daripada negara ranking 17-26, dan enam pasukan tempat kedua daripada negara ranking 10-15 telah diundi menentang antara satu sama lain dan bermain dua perlawanan, tempat sendiri dan tempat lawan, di mana pemenang akan mara ke pusingan kelayakan ketiga.
14 pemenang daripada pusingan kelayakan kedua, enam juara daripada negara-negara yang menduduki tempat 11-16, 3 pasukan tangga kedua yang menduduki tempat 7-9, 6 pasukan tempat ketiga yang menduduki tempat 1-6, dan tiga pasukan tempat keempat daripada negara-negara yang menduduki tempat 1-3 telah diundi untuk bermain dua perlawanan, tempat sendiri dan lawan, dengan pemenang akan mara ke peringkat kumpulan dan yang kalah akan mara ke pusingan pertama Piala UEFA.
16 pemenang dari pusingan ketiga, 10 juara daripada negara ranking 1-10, dan 6 pasukan tempat kedua daripada negara-negara dengan ranking 1-6 telah diundi dalam 8 kumpulan yang terdiri daripada 4 pasukan. Dua pasukan teratas dalam setiap kumpulan akan layak ke pusingan kalah mati Liga Juara-Juara, manakala pasukan-pasukan tempat ketiga layak mara ke pusingan 3 Piala UEFA.
Sekiranya terdapat pasukan yang mendapat jumlah mata yang sama, kriteria di bawah digunakan untuk menentukan seri:
Mata yang diperolehi dalam perlawanan sesama sendiri antara pasukan yang seri.
Jumlah jaringan dalam perlawanan sesama sendiri antara pasukan yang seri.
Gol di tempat lawan dalam perlawanan sesama sendiri antara pasukan yang seri.
Perbezaan kumulatif gol dalam semua perlawanan kumpulan.
Jumlah gol dijaringan dalam semua perlawanan kumpulan.
Nota: Perlawanan leg kedua diantara Ajax Amsterdam dan Internazionale terpaksa ditunda kerana AC Milan menggunakan stadium San Siro yang dikongsi oleh kedua-dua Internazionale dan AC Milan.
Note: Masalah perkongsian stadium San Siro yang timbul pada pusingan kedua tidak berlaku kerana Internazionale bermain leg pertama di tempat sendiri dan AC Milan bermain leg kedua di tempat sendiri.